กุ้งมีอวัยวะเพศภายนอกมองเห็นได้ชัดเจน และสามารถใช้ลักษณะความแตกต่างของอวัยวะเพศในการจำแนกชนิดได้ อวัยวะเพศผู้ เรียก พีแตสม่า (Ptasma) เกิดจากการเปลี่ยนแขนงอันในของขาว่ายน้ำคู่แรก ทั้ง 2 ข้างเชื่อมติดกัน เพื่อทำหน้าที่เป็นอวัยวะเพศผู้ อวัยวะเพศเมียเรียกทีไลคัม (Phelycum) เกิดจากการเปลี่ยนผนังด้านท้อง (Sternal Plate) ของระยางค์ส่วนอกปล้องที่ 7 และ 8 หรือตรงกับขาเดินคู่ที่ 4 ถึง 5 พัฒนาเป็นถุงสำหรับรับน้ำเชื้อวัยเจริญพันธุ์ (Maturation) หมายถึง รังไข่หรืออวัยวะที่ใช้ในการผสมพันธุ์พัฒนาเต็มที่ในการผลิตไข่ (Egg) หรือน้ำเชื้อ (Sperm) พร้อมที่จะผสมพันธุ์ โดยใช้อวัยวะภายนอกในพวก "Penaeids" เพศผู้ (Petasma) และเพศเมีย (Thelycum) เมื่อลอกคราบเพื่อเข้าสู่วัยเจริญพันธุ์อวัยวะเพศทั้ง 2 เพศ เจริญดีแล้วการผสมพันธุ์จะเกิดขึ้นภายหลังจากตัวเมียลอกคราบใหม่

ในการคัดพันธุ์กุ้ง แม้ว่าการทำ Individual Selection หรือ Mass Selection จะทำได้ง่าย ต้นทุนต่ำ ทดสอบและบันทึกผลได้ง่าย แต่การคัดพันธุ์แบบนี้ไม่สามารถหา "Interval" ระหว่าง Generation ได้ จึงควรใช้วิธีการคัดพันธุ์แบบ Family Selection ควบคู่ไปกับการทดสอบ Progeny อย่างต่อเนื่องทั้งแบบ Full Sib และ Half Sib

ในการศึกษาพันธุศาสตร์ประชากรกุ้ง กระทำโดย มีวัตถุประสงค์เพื่อจำแนกกลุ่มประชาการตามความถี่ของยีน (Gene Frequency) และมีการเปลี่ยน แปลงความถี่เนื่องจากสาเหตุต่าง ๆ ข้อมูลที่ได้เหล่านี้สามารถนำไปใช้ประโยชน์อย่างกว้างขวาง เช่น การจัดการเพื่อการอนุรักษ์ การปรับปรุงพันธุ์ การศึกษาอนุกรมวิธานและวิวัฒนาการ เป็นต้น เนื่องจากกุ้งกุลาดำ ได้มีการเพาะเลี้ยงกันอย่างแพร่หลาย โดยพันธุ์กุ้งที่ใช้ในการเลี้ยงทั้งหมดได้จากการจับพ่อแม่พันธุ์จากธรรมชาติ ขึ้นมาเพาะพันธุ์ ซึ่งมีการจับพ่อแม่พันธ์ปีละประมาณ 5 ถึง 6 แสนตัว ทำให้ประชากรกุ้งกุลาดำในธรรมชาติลดลง ความหลากหลายทางพันธุกรรมในธรรมชาติก็ลดลงด้วย นอกจากนี้การหลุดรอดของพันธุ์กุ้งที่เกิดจากการเพาะเลี้ยงลงไปในธรรมชาติ ปะปนกับประชากรดั้งเดิม มีผลทำให้ความหลากหลายทางพันธุกรรมลดลงเช่นกันการศึกษาพันธุศาสตร์ประชากรกุ้งกุลาดำจะทำให้ทราบว่ากุ้งกุลาดำในธรรมชาติ แต่ละแหล่งประกอบด้วยประชากรที่กลุ่มเพื่อนำข้อมูลที่ได้ไปใช้ในการจัดการ ผสมพันธุ์ป้องกันการผสมเลือดชิด และใช้เป็นข้อมูลพื้นฐานในการคัดเลือกพ่อแม่พันธุ์สำหรับการสร้าง Domesticated Broodstock ต่อไป